Według najnowszych badań dokumentów zgromadzonych w archiwach Ośrodka Informacji Naukowej Technicznej i Ekonomicznej PKP Polskich Linii Kolejowych S.A. Oddziału w Krakowie, Krakowskie Zakłady Automatyki S.A. z siedzibą przy ul. Wielickiej 28 w Krakowie sięgają początkami swej działalności roku 1928.
Z tego okresu pochodzi pierwsza wzmianka o funkcjonowaniu Działu Zabezpieczenia Ruchu Pociągów, wchodzącego w skład ówczesnego Wydziału Drogowego w Dyrekcji Kolei Państwowych w Krakowie. Dział ten uznany został za podwaliny Krakowskich Zakładów Automatyki S.A.

W latach 1934- 1946 firma funkcjonowała pod nazwą Warsztaty Sygnałowe.
Po wojnie, kiedy odbudowano infrastrukturę, Zakłady rozpoczęły właściwą działalność produkcyjną jako Warsztaty Elektrotechniczne.

Następnie, od roku 1953 funkcjonują Kolejowe Zakłady Zabezpieczenia Ruchu i Łączności w ramach Przedsiębiorstwa Kolejowych Robót Zabezpieczenia Ruchu i Łączności.
Od roku 1955 Zakłady funkcjonują w formie samodzielnego przedsiębiorstwa państwowego.

W roku 1961 Zakłady zostały włączone w struktury Polskich Kolei Państwowych.

W roku 1980, Kolejowe Zakłady Zabezpieczenia Ruchu i Łączności zostały przekształcone w Kolejowe Zakłady Automatyki.

W dniu 31.12.1991 Kolejowe Zakłady Automatyki zostały wyłączone z Polskich Kolei Państwowych i zaczęły funkcjonować jako samodzielne przedsiębiorstwo państwowe.

W okresie od 1 stycznia 1992 roku do 24 października 1994 roku istniały na rynku jako Kolejowe Zakłady Automatyki Przedsiębiorstwo Państwowe.
W dniu 25 października 1994 roku Sąd Rejonowy dla Krakowa – Śródmieścia w Krakowie, Wydział VI Gospodarczy Rejestrowy , zarejestrował w rejestrze handlowym pod numerem H/B-5684 Kolejowe Zakłady Automatyki S.A. jako jednoosobową spółkę akcyjną Skarbu Państwa.

Jesienią 1995 roku, KZA S.A. w Krakowie weszły w skład spółek parterowych Narodowego Funduszu Inwestycyjnego Magna Polonia S.A.

Od dnia 1 czerwca 1999 roku, przedsiębiorstwo Spółki funkcjonuje pod nową firmą, jako Krakowskie Zakłady Automatyki Spółka Akcyjna.

W dniu 25 lipca 2001 roku Spółkę wpisano do Rejestru Przedsiębiorców Krajowego Rejestru Sądowego pod numerem 0000031035.